先检查依赖软件
依赖软件：
可选依赖软件：
将软件及其数据库添加到环境变量
export PATH=$PATH:[PATH TO HiFiAdapterFilt]
export PATH=$PATH:[PATH TO HiFiAdapterFilt]/DB
将公司测序获得的 HiFi bam文件或者 fastq 文件软链接到工作目录下，如果有多个 cell 的数据，先合并为一个 bam 或者 fastq.gz 后再运行 HiFiAdapterFilt
mkdir -p HiFiAdapterFilt; cd HiFiAdapterFilt
ln -s /work/home/path/hifi/sample.fq.gz .
| 可选参数 | 说明 | 默认 |
|---|---|---|
| -p | 输入文件前缀 | 脚本将在工作目录中的所有序列文件（.bam、.fastq、.fastq.gz、.fq、.fq.gz） |
| -m | 测序数据与接头序列的最小匹配百分比（minimum percent Match） | 97 |
| -l | 匹配到的接头序列的最小删除长度 (bp) | 44 |
| -t | 运行 blastn 的线程数 | 8 |
| -o | 输出文件的所在路径 | . |
bash pbadapterfilt.sh -p sample -t 16
**注意：**如果未提供 -p 参数，脚本将在工作目录中的所有序列文件（.bam、.fastq、.fastq.gz、.fq、.fq.gz）上运行