Bedtools groupby 是一个非常有用的工具，它允许我们在特定的列（或列组合）上对行进行分组，并对每个组应用一种或多种操作。这对于许多生物信息学任务来说非常有用，如计算每个基因的平均表达量，或者确定每个染色体上的 SNP 数量。

使用 groupby 的基本语法是 bedtools groupby -i <input> -g <group column(s)> -c <operation column(s)> -o <operation(s)>，其中 <input> 是你想要处理的文件，<group column(s)> 是你想要按照哪些列进行分组，<operation column(s)> 是你想要在哪些列上进行操作，<operation(s)> 是你想要进行的操作（如 sum，mean，median，min，max，count 等）。

例如，如果你有一个文件，列出了每个基因在多个样本中的表达量，你可以使用 groupby 来计算每个基因的平均表达量：bedtools groupby -i expression.txt -g 1 -c 2 -o mean。这将会按照第一列（基因名）进行分组，并计算第二列（表达量）的平均值。

提醒 ：-o collapse 之前一定要对文件进行 sort ，bedtools 仅就近collapse

bedtools groupby -i expression.txt -g 1 -c 2 -o collapse